Views: 17015|回复 Reply: 11
[分子对接]
为什么我的 autodock 在grid时总是不能保存为gpf文件
[复制链接 Copy URL]
大大大大大宝
大大大大大宝
当前离线
UID5097
在线时间9 小时
注册时间2017-3-5
最后登录2020-5-26
好友1
8
帖子0
威望62
eV
Level 2 能力者, 积分 credits 70, 距离下一级还需 80 积分 credits
积分70
Level 2 能力者
发消息 Send PM
电梯直达 Go to
楼主
发表于 Post on 2017-3-8 20:59:25
|
只看该作者 Only view this author
|倒序浏览 Reverse view
|阅读模式 Reading model
求教各位 大神，为什么我的 autodock 在设置box时，grid时总是不能保存为gpf文件？我设置box大小后，点击close saving current 后生成一个没有格式的文件，
PS:------------我的配体是一个氨基酸与铜离子结合在一起的结构，我是这样增加的参数，复制CU参数至AD4-parameters.dat文件，保存为txt文本格式后，再修改后缀为dat,再复制到一个单独的文件夹与autodock和autogrid与要处理的分子放在一起，但是在后面docking步骤需要的docking parameters的时候需要的是dpf文件，在网上查到生成dpf文件是这样的
------------Autodock4(只能通过ADT中python脚本)：
$pythonsh $adtpy/prepare_dpf4.py -r macro.pdbqs -l lig.pdbqt -p ga_num_evals=25000000 -p ga_run=100 -p ga_pop_size=300
注：
也可以由python脚本中的dpf3_to_dpf4.py来将autodock3的gpf文件转化。
-p parameter=value：输入参数值
注：
此处生成的dpf需要编辑其中的参数，对遗传算法的精度进行设置。dpf文件中参数设置：
其中，"ga_num_evals"和"ga_num_evaluations"用于限定程序收敛条件，决定运算费时长短。
'ga_' 起始行参数：genetic algorithm
'sw_' 起始行参数：Solis and Wets local search method
ga_num_evals=25000000 Torsions<10，设定为2.5e5 － 2.5e7；Torsions>10，设定为2.5e7（默认2.5e6)
ga_run=100 最好在50以上（默认10）
ga_pop_size=300（默认150）
sw_max_its=3000（默认300）
----------------------------------------------------
因为我想这是在Linux系统下可以在python中直接输入这些语言，但是我是在win10系统中安装的，不知道怎么操作
------------
感觉很繁琐，谢谢各位的goodness and patience
收藏 Add to favorites0
回复 Reply
举报 Report
ChrisZheng
ChrisZheng
当前在线
UID4772
在线时间3066 小时
注册时间2017-1-6
最后登录2026-7-17
好友9
127
帖子0
威望1万
eV
积分12017
Level 6 (一方通行)
发消息 Send PM
2#
发表于 Post on 2017-3-8 21:14:42
|
只看该作者 Only view this author
gpf文件可以用AutoDockTools生成，不必要用python脚本罢。
评分 Rate
参与人数Participants 1eV +1
收起
理由Reason
sobereva
+ 1
查看全部评分 View all ratings
回复 Reply
举报 Report
大大大大大宝
大大大大大宝
当前离线
UID5097
在线时间9 小时
注册时间2017-3-5
最后登录2020-5-26
好友1
8
帖子0
威望62
eV
Level 2 能力者, 积分 credits 70, 距离下一级还需 80 积分 credits
积分70
Level 2 能力者
发消息 Send PM
3#
楼主 Author|
发表于 Post on 2017-3-8 21:16:45
|
只看该作者 Only view this author
ChrisZheng 发表于 2017-3-8 21:14
gpf文件可以用AutoDockTools生成，不必要用python脚本罢。
你好，我就是用autodock tools1.5.6生成出来的文件没有格式，不是gpf文件
回复 Reply
举报 Report
ChrisZheng
ChrisZheng
当前在线
UID4772
在线时间3066 小时
注册时间2017-1-6
最后登录2026-7-17
好友9
127
帖子0
威望1万
eV
积分12017
Level 6 (一方通行)
发消息 Send PM
4#
发表于 Post on 2017-3-8 21:22:45
|
只看该作者 Only view this author
大大大大大宝 发表于 2017-3-8 21:16
你好，我就是用autodock tools1.5.6生成出来的文件没有格式，不是gpf文件
那你有没有看看里面的内容呢，如果内容是对的，不用管后缀名，因为autogrid4也不管后缀名罢。
回复 Reply
举报 Report
cp45899
cp45899
当前离线
UID5760
在线时间19 小时
注册时间2017-5-9
最后登录2020-9-22
好友0
7
帖子0
威望87
eV
Level 2 能力者, 积分 credits 94, 距离下一级还需 56 积分 credits
积分94
Level 2 能力者
发消息 Send PM
5#
发表于 Post on 2017-5-14 22:11:46
|
只看该作者 Only view this author
试试生成后自己加上后缀.gpf？
回复 Reply
举报 Report
zjuhjx
zjuhjx
当前离线
UID5770
在线时间10 小时
注册时间2017-5-11
最后登录2024-11-6
好友0
21
帖子0
威望78
eV
Level 2 能力者, 积分 credits 99, 距离下一级还需 51 积分 credits
积分99
Level 2 能力者
发消息 Send PM
6#
发表于 Post on 2017-5-15 01:32:35
|
只看该作者 Only view this author
我觉得在linux里面，你要设置一下环境变量就OK 了，建议看看官方网站的教程啦。
回复 Reply
举报 Report
大大大大大宝
大大大大大宝
当前离线
UID5097
在线时间9 小时
注册时间2017-3-5
最后登录2020-5-26
好友1
8
帖子0
威望62
eV
Level 2 能力者, 积分 credits 70, 距离下一级还需 80 积分 credits
积分70
Level 2 能力者
发消息 Send PM
7#
楼主 Author|
发表于 Post on 2017-5-16 15:06:18
|
只看该作者 Only view this author
zjuhjx 发表于 2017-5-15 01:32
我觉得在linux里面，你要设置一下环境变量就OK 了，建议看看官方网站的教程啦。
我是在Windows系统里面
回复 Reply
举报 Report
therotyonth
therotyonth
当前离线
UID359
在线时间31 小时
注册时间2014-11-12
最后登录2025-10-17
好友3
73
帖子0
威望256
eV
Level 3 能力者, 积分 credits 329, 距离下一级还需 171 积分 credits
积分329
Level 3 能力者
发消息 Send PM
8#
发表于 Post on 2017-5-19 09:34:44
|
只看该作者 Only view this author
你把你的输出报错发出来看看吧！
目前我能估计到的问题是参数文件里面没有相应的铜的参数。
回复 Reply
举报 Report
zjuhjx
zjuhjx
当前离线
UID5770
在线时间10 小时
注册时间2017-5-11
最后登录2024-11-6
好友0
21
帖子0
威望78
eV
Level 2 能力者, 积分 credits 99, 距离下一级还需 51 积分 credits
积分99
Level 2 能力者
发消息 Send PM
9#
发表于 Post on 2017-5-22 20:45:10
|
只看该作者 Only view this author
大大大大大宝 发表于 2017-5-16 15:06
我是在Windows系统里面
奥，哈哈，我的经验是，我只在linux下面用脚本就很好用，要是在Windows下面，我只会用autodockGUI来做啦。
回复 Reply
举报 Report
zjuhjx
zjuhjx
当前离线
UID5770
在线时间10 小时
注册时间2017-5-11
最后登录2024-11-6
好友0
21
帖子0
威望78
eV
Level 2 能力者, 积分 credits 99, 距离下一级还需 51 积分 credits
积分99
Level 2 能力者
发消息 Send PM
10#
发表于 Post on 2017-5-22 20:45:26
|
只看该作者 Only view this author
therotyonth 发表于 2017-5-19 09:34
你把你的输出报错发出来看看吧！
目前我能估计到的问题是参数文件里面没有相应的铜的参数。
有的，这些有人总结啦。
回复 Reply
举报 Report
大大大大大宝
大大大大大宝
当前离线
UID5097
在线时间9 小时
注册时间2017-3-5
最后登录2020-5-26
好友1
8
帖子0
威望62
eV
Level 2 能力者, 积分 credits 70, 距离下一级还需 80 积分 credits
积分70
Level 2 能力者
发消息 Send PM
11#
楼主 Author|
发表于 Post on 2017-7-25 17:36:48
|
只看该作者 Only view this author
therotyonth 发表于 2017-5-19 09:34
你把你的输出报错发出来看看吧！
目前我能估计到的问题是参数文件里面没有相应的铜的参数。
谢谢，是呀，我添加参数添加不进去
回复 Reply
举报 Report
大大大大大宝
大大大大大宝
当前离线
UID5097
在线时间9 小时
注册时间2017-3-5
最后登录2020-5-26
好友1
8
帖子0
威望62
eV
Level 2 能力者, 积分 credits 70, 距离下一级还需 80 积分 credits
积分70
Level 2 能力者
发消息 Send PM
12#
楼主 Author|
发表于 Post on 2017-7-25 17:37:41
|
只看该作者 Only view this author
zjuhjx 发表于 2017-5-22 20:45
奥，哈哈，我的经验是，我只在linux下面用脚本就很好用，要是在Windows下面，我只会用autodockGUI来做啦 ...
有空研究一下谢谢
回复 Reply
举报 Report